Tutti i fiumi della regione Limeña sfociano nel Pacifico, essi sono di carattere torrentizio e per ciò la portata d'acqua varia a seconda della stagione, nella stagione della piogge "serrane" da dicembre a marzo non è raro il fenomeno delle piene, mentre che durante il resto dell'anno la portata dei fiumi si riduce a poco più di un rigagnolo d'acqua. I principali corsi "acquei" sono: Il Rimac, Il Chillon, Il Chancay, Il Lurin, Il Mala e il Cañete; lungo le loro rive sorgono i principali centri abitati che molte volte prendono nome dai fiumi stessi.

Nella vasta regione andina appartenente a Lima ci sono laghi di tutte le dimensioni; il più grande di questi è quello di Paucaricocha a 4,284 metri, mentre i laghi di Boza, La Yesera, Chilca, Chancay e San Mateo sono famosi per le loro acque termali e minerali.